Módulos de análisis de datos MCTF

OBJETIVO Y ESTRUCTURA DE LOS MÓDULOS

El objetivo principal de la tarea a la que os enfrentáis es aprender y aplicar uno de los métodos usados por los científicos para detectar los elementos transponibles o elementos móviles (TE) candidatos a ser adaptativos. Es decir, detectar los TE que han hecho a Drosophila melanogaster más adaptada al ambiente en el que vive..

¿Por qué?

Porque con esta lista los científicos funcionales podrán buscar y probar en el laboratorio las posibles funciones de los genes cercanos a estos TEs y entender cómo y por qué están mejor adaptados al ambiente comparado con los individuos que no llevan está mutación.

Para ello, debéis aprender y familiarizaros con conceptos teóricos y herramientas prácticas que se van presentando en cada uno de los siguientes módulos. En algunos de ellos veréis que hay una sección “Ponte a Prueba” con el propósito de que vayáis cogiendo práctica en las diferentes etapas del proceso y poder completar, por lo tanto, la difícil tarea de distinguir o clasificar las mutaciones en función de su relevancia e interés, lo cual es uno de los mayores quebraderos de cabeza para los científicos que estudian la evolución hoy en día. Finalmente, os adjuntamos un Anexo 1 donde encontraréis un pequeño resumen sobre la información actual de TEs de Drosophila melanogaster candidatos a ser adaptativos.

ÍNDICE DE LOS MÓDULOS

  1. Módulo 1: Cosas que debes saber
  • ADN, Genes y genoma
  • Mutaciones
  • TEs
  • Genética de poblaciones: aspectos a tener en cuenta (tipos de mutaciones según efecto, selección natural, frecuencias, recombinación)
  • Drosophila melanogaster: la protagonista
  • Ponte a prueba: PREGUNTAS
  1. Módulo 2. Instalación de herramientas para trabajar
  1. Módulo 3: Visualizar los TEs y el archivo de datos: importar y distribución de variables
    • FlyBase y Gbrowse
    • ¿Qué contiene el archivo de datos?
    • ¿Cómo importar el archivo de datos a R?
    • Distribución de las variables de interés
    • Ponte a prueba: PREGUNTAS
  1. Módulo 4. Generar listas de TEs candidatos a ser adaptativos
    • Lista de TEs candidatos a ser adaptativos: PONTE A PRUEBA
    • Cambiar parámetros: PONTE A PRUEBA
    • Comprobar listas: PONTE A PRUEBA

Anexo 1: Información actual sobre TEs en Drosophila melanogaster candidatos a ser adaptativos

Módulo 1 >