Code the Fly incluye una dinámica de participación virtual y unos materiales educativos dirigidos inicialmente a estudiantes universitarios, dentro del proyecto de ciencia ciudadana #MelanogasterCTF y bajo la supervisión de la Dra. Sonia Casillas del Departamento de Genética y Microbiología de la Universidad Autónoma de Barcelona (UAB). Code the Fly ofrece a los estudiantes un primer contacto con la investigación científica y una introducción a la bioinformática, contribuyendo a promover el conocimiento sobre el proceso científico y a cultivar su talento. 

En el espacio virtual creado, los estudiantes podrán generar datos bioinformáticos relevantes para el proyecto científico. De hecho, actualmente una de las necesidades de los científicos de la red europea European Drosophila Population Genomics Consortium (DrosEU) es incrementar el número de análisis de los datos generados. Por medio de un aplicativo, los estudiantes tienen acceso a un software de uso libre para analizar los datos genómicos. Al mismo tiempo, los científicos pueden evaluar la calidad de los datos generados por los estudiantes, filtrando y almacenando solo los que cumplan los requisitos de calidad estándar en el campo.

Code the Fly permite también cubrir necesidades identificadas por los profesores que participan en el proyecto #MelanogasterCTF, como son la formación en técnicas de secuenciación y el aprendizaje de bioinformática. A sugerencia de los profesores, el proyecto incluye la creación de materiales educativos sobre secuenciación de ADN, así como una dinámica de participación virtual para incentivar la inmersión de los estudiantes en la bioinformática. Para ello, se utiliza la plataforma en abierto Stepik, que permite incorporar contenido nuevo como lecciones interactivas sobre técnicas de secuenciación de ADN, además de los módulos de bioinformática desarrollados específicamente para el proyecto.

Una vez implementado Code the Fly a nivel universitario, se dará acceso a la plataforma y las actividades a estudiantes de bachillerato que tengan especial interés en la investigación científica y/o el big data. Code the Fly permite de este modo dar continuidad al proyecto #MelanogasterCTF, ya que el alumnado de los centros de zonas áridas que ya han colaborado en la colección y clasificación de muestras biológicas de Drosophila, pueden seguir aportando al proyecto una vez finalicen sus estudios en el instituto mediante esta actividad. También permite la participación de estudiantes de las escuelas de otras zonas no necesariamente de las zonas geográficas de interés para el  proyecto científico.

Con el objetivo de llegar a un público amplio, todos los materiales y herramientas generados en las actividades Code the Fly estarán disponibles en la web para todas las personas que puedan estar interesadas en participar del proyecto #MelanogasterCTF. Se facilitará de este modo la futura participación virtual de la ciudadanía, más allá del entorno universitario y de las escuelas implicadas directamente.

 

Code the Fly, en marcha

Las actividades de Code the Fly se inician durante el curso 2020-2021, dirigidas en primera instancia al alumnado universitario de los grados de Biociencias de la Universidad Autónoma de Barcelona (UAB). 

Se trata de una dinámica de participación virtual en la que se invita al alumnado a ejecutar un software (T-lex3) que les permite detectar y estimar la frecuencia de elementos transponibles en varias poblaciones de Drosophila melanogaster a partir de los datos de secuenciación de DNA que están disponibles de forma abierta en una base de datos (SRA). 

La aplicación online contiene toda la información y pasos guiados para que el alumnado colaborador tenga una visión introductoria sobre los elementos transponibles, pueda instalarse el software necesario y pueda enviar resultados a la plataforma online. Esta aplicación además hace una gestión de los resultados que se envían, y permite validarlos, cuando varios colaboradores han enviado resultados equivalentes, o bien muestra alertas cuando algunos de los resultados enviados son inconsistentes.

Aunque la aplicación permite la participación autónoma de los estudiantes, para dar a conocer el proyecto y facilitar una primera toma de contacto con la aplicación, durante los meses de abril y mayo de 2021 se ofrecerán talleres introductorios en el marco de diversas asignaturas de grados de la Facultad de Biociencias de la UAB. Los talleres se desarrollarán de la siguiente manera:

  1. Primera sesión síncrona (1h)
  • Breve introducción al proyecto Code the Fly, los elementos transponibles y el software T-lex3
  • Introducción a la plataforma de participación virtual Code the Fly
  • Asistencia en la instalación de T-lex3 
  • Descripción de los datasets que se analizarán
  1. Trabajo autónomo por parte del alumnado
  • El alumnado dispone de un tiempo para ejecutar T-lex3 e introducir los resultados en la plataforma Code the Fly.
  • Servicio online de atención de dudas y de resolución de posibles problemas técnicos
  1. Segunda sesión síncrona (1h)
  • Puesta en común de los resultados obtenidos hasta el momento
  • Preparación para seleccionar otros datasets de la base de datos SRA adecuados para los objetivos del proyecto
  • Habilitación para el análisis de manera autónoma, con el fin de seguir colaborando con el proyecto 
  • Como parte de la asignatura de Evolución, explicación de las diferencias en las frecuencias de los diferentes elementos transponibles en poblaciones distintas de Drosophila melanogaster, y su relación con la evolución en el contenido de los genomas entre especies.

Paradójicamente, en un contexto de emergencia sanitaria, las particularidades de las actividades Code the Fly y de la correspondiente plataforma de participación, hacen que la impartición de los talleres y la participación del alumnado en un entorno de docencia virtual sea idónea. 

Las actividades de Code the Fly están organizadas por el Departamento de Genética y Microbiología de la Universidad Autónoma de Barcelona (UAB) y el Laboratorio de Genómica Evolutiva y Funcional del Instituto de Biología Evolutiva (CSIC-UPF) mediante la plataforma de divulgación La Ciencia En Tu Mundo, y cuentan con la colaboración de European Drosophila Population Genomics Consortium (DrosEU) y la cofinanciación pública del Consejo Europeo de Investigación (ERC) y la Fundación Española para la Ciencia y la Tecnología (FECYT) y La Fundación General CSIC.