4.1 PONTE A PRUEBA

1. ¿Cuántos TEs se encuentran en regiones genómicas con recombinación (no cero)?
2. Recuerda, cuando tomes un subgrupo del archivo original, los siguientes subgrupos no se tomarán del archivo original, sino del subgrupo que obtuviste previamente.
¿Cuántos TEs se encuentran en regiones de recombinación y en regiones de alta frecuencia (más del 10 %) en el genoma de al menos una de las 5 poblaciones?
  1. Queremos detectar los TEs adaptativos “out-of-Africa”, es decir, los que intervinieron en la adaptación de estas moscas al clima que encontraron cuando salieron de las condiciones africanas tropicales originales y se adaptaron a las condiciones de Europa. En este caso, ¿qué poblaciones tendremos que comparar?
  1. Recuerda que con R podemos obtener un subgrupo a partir del archivo original, teniendo en cuenta más de una condición:
new_list <- subset (last_list_data_file, condition_variable | condition_variable & condition_variable
Puedes comprobar en el archivo de código abierto en el editor de texto. El umbral en que consideramos un TE como de baja o alta frecuencia es un “punto caliente”. Consideramos que un TE es de baja frecuencia si menos del 10 % de la población lo tiene, y de alta frecuencia si lo tiene más del 10 % de la población. Usando la función ‘subset’, puedes generar una lista de los candidatos “out-of-Africa” que son adaptativos. En este caso, ¿cuántos TEs candidatos encontramos para la adaptación “out-of-Africa”? (Recuerda: deben estar en regiones con recombinación.)
  1. Consideramos como más importantes los TEs localizados dentro de genes o en regiones regulatorias de los genes cercados. De esta manera, los TEs de nuestras listas serán tendrán más probabilidad de afectar a los genes cercanos, y debemos evitar incluir TEs neutros. En Drosophila melanogaster, se considera que las regiones promotoras y reguladoras se encuentran a distancia de 1 kb o menos del gen.

    Recuerda que, en nuestro archivo de datos, la distancia génica se mide en pares de bases (pb) y no en (kb). Y encuentra, con la caja del módulo 2 puedes transformar el número y obtener la información que quieres.

    ¿Cuántos TEs candidatos tenemos para la adaptación “out-of-Africa” (regiones con recombinación), en menos de 1 kb del gen?