Code the Fly es una actividad de ciencia ciudadana en la cual los participantes contribuyen analizando el genoma de Drosophila melanogaster mediante herramientas bioinformáticas para estimar las frecuencias de elementos móviles (también llamados transposones) en diferentes poblaciones.
Code the Fly es una dinámica de participación virtual dirigida a los estudiantes universitarios, de bachillerato y a la población en general que tengan curiosidad e interés en la bioinformática, la genética y el big data. La actividad ofrece un primer contacto con la investigación científica y una introducción a la bioinformática, contribuyendo a promover el conocimiento sobre el proceso científico y a cultivar su talento, así como el desarrollo del proyecto de ciencia ciudadana Melanogaster: Catch the Fly (#MelanogasterCTF). Además, Code the Fly permite al alumnado de los centros, principalmente situados en climas áridos, que ya han colaborado con el proyecto a través de la colección y clasificación de muestras biológicas de Drosophila seguir participando en proyecto una vez finalicen sus estudios en el instituto.
En la actividad Code the Fly, los participantes trabajan de forma autónoma y a su ritmo a través de la plataforma online en abierto Stepik. En la plataforma Stepik los colaboradores encontrarán un módulo en bioinformática con todo el material educativo que el equipo científico de #MelanogasterCTF ha creado específicamente para la actividad. El módulo contiene toda la información para que los participantes tengan una visión introductoria sobre conceptos como el ADN, el genoma, los elementos móviles, y todos los pasos guiados para que puedan instalarse el software necesario y generar los datos bioinformáticos y enviar los resultados a la plataforma online.
Para la generación de los datos se utiliza el software T-lex3, desarrollado por el Laboratorio de Genómica Evolutiva y Funcional del Instituto de Biología Evolutiva de Barcelona (IBE, CSIC-UPF). T-lex3 es un programa que permite detectar y estimar la frecuencia de elementos móviles en las diferentes poblaciones de Drosophila melanogaster analizando los datos de ADN secuenciados que están disponibles de forma abierta en una base de datos. Los datos generados por los participantes y enviados a la plataforma online son evaluados y validados satisfactoriamente cuando varios colaboradores han enviado resultados equivalentes o bien muestra alertas cuando algunos de los resultados enviados son inconsistentes. Una vez validados los datos son utilizados por el personal investigador que forma parte del Consorcio Europeo de Genómica de Poblaciones en Drosophila (DrosEU). Actualmente, una de las necesidades de los científicos y científicas de DrosEU es incrementar el número de elementos móviles analizados en el genoma de Drosophila melanogaster. Gracias a esta interacción, los participantes colaboran directamente en un proyecto de investigación real y se sienten partícipes de colaborar en el avance de la ciencia.
Code the Fly organización y desarrollo
La actividad está estructura de la siguiente manera:
Parte I: Introducción a la actividad, funcionamiento, contenidos
- Breve introducción al proyecto Code the Fly, los elementos móviles y el software T-lex3.
- Introducción a la plataforma de participación virtual Code the Fly.
- Asistencia en la instalación de T-lex3.
- Descripción de los datasets que se analizarán.
Parte II: Trabajo autónomo por parte de los y las participantes
- El alumnado dispone de un tiempo para ejecutar T-lex3 e introducir los resultados en la plataforma Code the Fly.
- Servicio online de atención de dudas y de resolución de posibles problemas técnicos.
Parte III: Análisis de los resultados
- Puesta en común de los resultados obtenidos hasta el momento.
- Preparación para seleccionar otros datasets de la base de datos SRA adecuados para los objetivos del proyecto.
¿Cómo participar?
Para registrarse a la actividad Code the Fly y empezar a colaborar con el proyecto, clica aquí: Registro Code the Fly
La actividad Code the Fly está bajo supervisión de la Dra. Sònia Casillas del grupo de Genómica, Bioinformática y Evolución (GGBE) del Departamento de Genética y Microbiología de la Universidad Autónoma de Barcelona (UAB), y se lleva a cabo dentro del proyecto de ciencia ciudadana #MelanogasterCTF dirigido por el Laboratorio de Genómica Evolutiva y Funcional (IBE, CSIC-UPF) y la plataforma de divulgación científica La Ciencia en Tu Mundo (LCATM). En el proyecto participa también el Consorcio Europeo de Genómica de Poblaciones de Drosophila (DrosEU). Este proyecto cuenta con la colaboración de la Fundación Española para la Ciencia y la Tecnología-Ministerio de Ciencia, Innovación y Universidades (FECYT), del Consejo Europeo de Investigación (ERC, H2020-ERC-2014-CoG-647900), y de la Fundación General CSIC (FGCSIC).
